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中国科学院微生物研究所成立于1958年12月3日，由中国科学院应用真菌研究所和中国科学院北京微生物研究室合并而成。目前已发展成为一个具有雄厚研究基础和广泛影响力的微生物学研究和微生物技术研发机构。 微生物所坚持“微生物、高科技、大产业”的战略定位，致力于成为微生物领域重要的国家战略科技力量，面向世界科技前沿、人民生命健康和经济社会可持续发展，针对具有战略意义的微生物类群，围绕微生物多样性及资源深度挖掘和病原微生物感染免疫与关键防控技术，开展前瞻性、战略性的基础研究和关键技术研究，努力促进基础理论和关键核心技术突破，带动新兴产业发展，为实现高水平科技自立自强做出重要贡献。 微生物所设有微生物资源前期开发国家重点实验室、真菌学国家重点实验室、植物基因组学国家重点实验室（与中国科学院遗传与发育生物学研究所共建）、中国科学院微生物生理与代谢工程重点实验室、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室五个重点实验室。2020年2月，依托微生物所成立了中国科学院农业微生物先进技术工程实验室。同时设有微生物资源与大数据中心、技术转移转化中心、生物安全与动物实验公共平台、所级公共技术中心等技术支撑平台和一个专业性图书馆。依托微生物所还建设有中国科学院—发展中国家科学院生物技术卓越中心、中国科学院—发展中国家科学院新发突发传染病研究与交流卓越中心和中国科学院流感研究与预警中心。科技部和财政部首批启动的国家微生物科学数据中心(NMDC)、具有国际影响力的世界微生物数据中心（WDCM），均设在微生物所。微生物所同时拥有保藏量8万余株的中国普通微生物菌种保藏管理中心（CGMCC）和馆藏55万余号标本的菌物标本馆。
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